Le terme « protéome » est né durant l’année 1994 dans plusieurs congrès pour désigner la totalité des protéines exprimées par un génome dans l’espace et dans le temps. Il s’agit donc, contrairement au génome, d’une image dynamique dépendant du tissu, du stade de développement et des conditions environnementales dans lesquelles l’organisme se situe. La protéomique qui constitue donc l’analyse du protéome, regroupe plusieurs champs d’investigation qui ont un même objectif :

Obtenir une vision globale et intégrée des processus biologiques par l’étude globale des protéines d’une cellule plutôt que de chacune individuellement. Ceci inclut non seulement une identification des protéines exprimées mais aussi l’élucidation de leur fonction et de leur localisation, les interactions protéines-protéines ainsi que l’étude des modifications post-traductionnelles. Ce concept a pu se développer grâce à l’évolution de technologies nées dans les années 1980 telles que l’électrophorèse bidimensionnelle qui permet de séparer simultanément des centaines, voire des milliers, de polypeptides et les méthodes de microcaractérisation des protéines. Cependant, il fallut attendre la fin des années 1990 pour que ces méthodes soient améliorées et associées de façon systématique, rendant possible l’analyse de l’expression protéique dans sa globalité pour une cellule, un tissu ou un organisme.